Keberhasilan Ignasius Jonan membenahi PT Kereta Api Indonesia menjadi salah satu pertimbangan kuat mengapa akhirnya Presiden Joko Widodo mempercayakan jabatan Menteri Perhubungan di Kabinet Kerja kepada dirinya. Sebagai Menteri Perhubungan, Jonan tak segan membekukan surat izin beberapa maskapai Indonesia yang melakukan sejumlah kesalahan termasuk pelanggaran jam terbang. Di bawah Jonan, Kementerian Perhubungan menjadi salah satu penopang gagasan Poros Maritim. Kementerian Perhubungan akan menyeselesaikan pembangunan beberapa pelabuhan dan terus membangun rute angkutan penumpang.